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Il virus dell’afta epizootica (FMDV) viene diagnosticato mediante test di isolamento del virus combinato con l’antigene ELISA e, recentemente, con la RT-PCR in un unico passaggio. L’uso della RT-PCR fluorogenica sta assumendo un’importanza sempre maggiore per la rilevazione rapida dell’FMDV da campioni clinici che non possono essere trattati con i normali test di isolamento del virus e con l’ELISA dell’antigene. La RT-PCR quantitativa in tempo reale (qRT-PCR) combina la trascrizione inversa con l’amplificazione PCR e la rilevazione dell’amplificazione positiva utilizzando sonde fluorescenti come la sonda TaqMan ®. Nel presente studio, una qRT-PCR basata sulla sonda TaqMan® è stata standardizzata e utilizzata per la rilevazione del genoma dell’FMDV da campioni clinici, tra cui secrezioni nasali, plasma e fluidi esofago-faringei (campioni probang). La standardizzazione iniziale è stata effettuata utilizzando diverse diluizioni seriali di un isolato di FMDV OTNN 24/84 (106,8 TCID50) e 102 virus hanno potuto essere identificati utilizzando la TaqMan® qRT-PCR. Gli standard di RNA sono stati sintetizzati in vitro a partire da un plasmide contenente 110 coppie di basi della regione 3D di un isolato di FMDV di tipo O. L’RNA è stato diluito in serie dieci volte e utilizzato come RNA standard per generare le curve standard.
