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Os sistemas de cultivo de camarão têm enfrentado várias doenças microbianas, que causaram prejuízos económicos significativos às comunidades globais de cultivo de camarão. Nos sistemas asiáticos de cultivo de camarão peneídeo, foram relatadas doenças bacterianas causadas por vibriões como predominantes. No presente estudo, foram recolhidas amostras de camarão cultivado, reprodutores, água de viveiros de camarão, sedimentos, larvas de camarão e água de incubadoras. Um total de 10 espécies de Vibrio foram identificadas nas amostras coletadas. Vibrio harveyi foi o grupo dominante de vibriões no sedimento da lagoa de camarões (40%) e no intestino do camarão (40%). A análise de impressão digital IS-PCR realizada para a tipagem molecular de estirpes selecionadas de V. harveyi e V. alginolyticus foi capaz de detetar a variação das estirpes e discriminar eficientemente as estirpes em diferentes genogrupos. O padrão de impressão digital gerado indicou a presença de variação no número de bandas entre o Vibrio harveyi e entre o Vibrio alginolyticus. A análise dendrogramática também confirmou a variabilidade genética independente dentro da mesma espécie de Vibrio.