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Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) mute rapidement sous les pressions de sélection de l’immunité de l’hôte, ce qui permet l’amplification de mutations d’échappement qui permettent au virus d’échapper à la réponse immunitaire de l’hôte. Les premières séquences traçables du VIH-1 de sous-type A (dans le référentiel de séquences) étaient d’origine africaine et datent du milieu des années 80. Dans les années qui ont suivi, alors que les virus de sous-type A se propageaient dans le monde entier, des séquences provenant de différentes parties du monde ont également commencé à apparaître. Au cours des dernières décennies, le VIH-1 de sous-type A s’est implanté dans certaines régions du monde, notamment au Kenya, en Ouganda, au Japon, en Azerbaïdjan, en Belgique, au Botswana, en Biélorussie, au Congo et, plus récemment, en Afghanistan et au Pakistan. L’analyse des schémas évolutifs d’un virus dans le contexte de ses populations hôtes met en lumière les pressions de sélection exercées sur les virus qui sont associées à des milieux immunitaires hôtes spécifiques. Ce type d’information est utile pour la conception de vaccins et de médicaments contre le virus.
