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As doenças infecciosas emergentes e reemergentes representam uma ameaça global para a saúde pública, a saúde animal e a biodiversidade. Neste estudo, caracterizámos os vírus da gripe aviária (AIV), os paramixovírus e os coronavírus que circulam em aves selvagens e morcegos no Egito, com base em amostras recolhidas. Os morcegos e as aves selvagens são reservatórios conhecidos de vários vírus de alto risco que afectam a saúde pública. As aves selvagens, em particular, são hospedeiros e portadores significativos, desempenhando um papel importante na propagação, alastramento e evolução dos AIV devido à sua migração sazonal. A análise filogenética dos genes HA e M dos vírus da gripe aviária que circulam nas aves de capoeira e dos detectados em aves selvagens revelou uma relação estreita, sugerindo a transmissão a partir de aves selvagens. As estirpes H5N8 isoladas são identificadas como estirpes egípcias. Do mesmo modo, foi observada uma relação filogenética nos paramixovírus (NDV) isolados tanto de aves de capoeira como de aves selvagens, apoiando ainda mais o papel da vida selvagem na transmissão do vírus.