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L’évolution du virus de l’hépatite C (VHC) est un processus très dynamique. Il existe peu d’informations sur l’épidémiologie moléculaire des isolats du VHC au Maroc, une région connue pour sa prévalence intermédiaire de l’infection par le VHC. L’objectif de cette étude était de déterminer la distribution des sous-types de souches du VHC chez les patients atteints d’une infection chronique par le VHC au Maroc et d’estimer la prévalence des substitutions d’acides aminés dans la région centrale du VHC chez les patients marocains n’ayant jamais suivi de traitement. Dans cette étude, nous avons inclus 185 patients anti-VHC positifs. L’identification du sous-type du VHC a été réalisée respectivement par séquençage des régions 5’UTR, core et NS5B. L’histoire démographique du VHC a été déduite à l’aide d’une analyse bayésienne par chaîne de Markov Monte Carlo. L’analyse phylogénétique basée sur la région NS5B a révélé que le sous-type 1b (75,2 %) était le plus courant, suivi du sous-type 2i (19,1 %). Le sous-type 1b du VHC avait une prévalence encore plus élevée dans le carcinome hépatocellulaire. À l’aide d’une approche bayésienne, la date moyenne d’apparition de l’ancêtre commun le plus récent a été estimée à 1910 pour le VHC-1b et à 1854 pour le VHC-2i. Sur la base de la région core, des mutations au niveau de R70Q ou L91M ont été détectées chez plus d’un quart des patients infectés par le VHC-1b.
