Amr Badr / Hossam Elsemellawy / Mostafa Abdelazim
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A previsão bem-sucedida dos epítopos das moléculas do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é um passo essencial na conceção de vacinas genéticas. A previsão bem-sucedida dos epítopos do MHC de classe II é mais difícil do que a dos epítopos do MHC de classe I, devido à ranhura de ligação aberta em ambas as extremidades das moléculas de classe II; esta estrutura leva a um comprimento variável dos epítopos do MHC II e complica a tarefa de detetar o 9-mer de ligação central. Neste livro, apresentamos um novo algoritmo de classificação para a previsão de epítopos do MHC de classe II utilizando a técnica de Aprendizagem de Instâncias Múltiplas. O Conjunto de Agrupamento Construtivo Separado (SCCE) é a nossa nova versão do Conjunto de Agrupamento Construtivo (CCE). O SCCE integrou o Algoritmo Genético, o agrupamento K-medoides, a aprendizagem em conjunto e a máquina de vetores de suporte numa orquestração para prever os epítopos do MHC II. O SCCE foi testado em quatro conjuntos de dados de referência e alcançou uma precisão média de 85%. Os resultados do SCCE superam a maioria dos métodos de regressão de ponta atuais. O SCCE alcançou estes resultados utilizando apenas indicadores de ligação e não ligação, sem necessidade de dados de regressão.
